مصرف همزمان مهاركنندگان مونوآمين اكسيداز با پاروکستین می‌تواند عوارض خطرناك و مهلك در پي داشته باشد. بايد بين قطع مصرف يكي از دو دارو و شروع داروي ديگر حداقل 14روز فاصله باشد. مصرف پاروکستین با دارو ‌هاي سروتونرژيك می ‌تواند باعثب روز سندرم سروتونين و تشديد عوارض شود. غلظت پلاسمایی پاروکستین در مصرف همزمان با تربینافین افزایش می یابد. پاروکستین غلظت پلاسمایی داریفناسین را افزایش می دهد. پاروکستین متابولیسم پرفنازین را مهار می کند.